Небольшую часть собранной пробы помещают в чашку Петри диаметром 55 мм или 90 мм или в счетную камеру «Седвик-Рафтер» (Sedgewick Rafter Counting cells) объемом 1 мл и под микроскопом стерильной капиллярной пипеткой изолируют одну клетку или одну колонию, состоящую из нескольких клеток (рис. 9).
Рисунок 9. Изоляция колонии стерильной капилярной пипеткой под инвертированным микроскопом
На стерильное предметное стекло наносят каплю стерильной морской воды и в нее переносят изолированную клетку или колонию клеток (рис. 10). Процесс повторяют не менее трех раз, каждый раз заменяя стерильную пипетку. Таким образом отмывают клетку от сопутствующих водорослей и бактерий.
Рисунок 10. Изолированную колонию отмывают путем ее трехкратного перенесения в капли стерильной морской воды на стерильном предметном стекле.
После отмывания клетку или колонию переносят в стерильную чашку Петри с питательной средой. Одна клетка или колония помещается в одну чашку Петри. Для успешного получения монокультуры необходимо параллельно изолировать не менее 10 клеток или колоний. Чашки с изолированными клетками или колониями помещают в климатостат с температурой 20°С, освещенностью 3500 лк и свето-темновым периодом 12 ч свет/12 ч темнота.
Ежедневно проводят мониторинг изолированных клеток под микроскопом: просматривают содержимое каждой чашки и при обнаружении увеличения количества цепочек повторяют процесс изолирования колонии. При условии отсутствия в чашках других видов микроводорослей и увеличения количества колоний необходимого вида культуру переносят в культуральные пробирки с объемом питательной среды 20 мл или колбы Эрленмейера с объемом питательной среды 100 мл. Плотность засева должна составлять не менее 1000 клеток/мл.