Перед началом работ по получению чистых культур микроводорослей температуру пробы воды доводят до 20±2 0C. Вода должна иметь pH 8.0-8.1, содержание кислорода должно быть зимой не менее 4 мг/л, летом - не менее 6 мг/л. Необходимо сразу же после доставки проб в лабораторию провести контрольное наблюдение микрофлоры под микроскопом.
При обнаружении нужного вида в достаточном количестве немедленно приступают к его изоляции. В случае если клетки данного вида присутствуют в пробе, но в недостаточном количестве, пробу оставляют на несколько дней для получения смешанной накопительной культуры. В случае если вид в накопительной смешанной культуре достиг необходимой численности, проводят его изоляцию.